Dva i pol mjeseca nakon sjednice Vijeća za obranu, do javnosti je procurila informacija da je predsjednik Republike i vrhovni zapovjednik Oružanih snaga Zoran Milanović sredinom svibnja izdao zapovijed o potpunom prekidu vojne suradnje Hrvatske i Izraela.
Prema neslužbenim saznanjima, Milanović je 23. svibnja, na zatvorenom sastanku Vijeća za obranu, obavijestio premijera i članove tog tijela da Hrvatska vojska „prekida svaki oblik vojne suradnje s izraelskom vojskom”. Iz Ureda predsjednika potvrđuju da je odluka donesena „u sklopu predsjednikovih ustavnih nadležnosti”.
Uz obustavu zajedničkih vojnih aktivnosti, šef države je od Vlade zatražio i prekid trgovine naoružanjem s Izraelom. Ministarstvo obrane, međutim, poručuje da Hrvatska ionako nema aktivne projekte vojne suradnje s Izraelom. Unatoč tome, saznaje se da su zbog predsjednikove naredbe otkazani planirani sastanci i razmjene iskustava između dviju vojski.
U nekoliko javnih nastupa Milanović je Izrael okarakterizirao kao državu čiju politiku smatra „zločinačkom”, dodajući: „S takvom državom ne treba imati posla”.
Objava zapovijedi dodatno zaoštrava ionako napet odnos predsjednika i Vlade, koja još nije službeno komentirala njegov zahtjev o prekidu trgovine oružjem.