Posljednji tjedan rujna 2009. ušao je u hrvatske diplomatske anale kao primjer kako se privatni spor jednog državljanina može pretvoriti u državni problem.
Švicarski Savezni ured za policiju 25. rujna 2009. izdao je trogodišnju zabranu ulaska Marku Perkoviću Thompsonu na teritorij Švicarske i Lihtenštajna, čime je popularni pjevač de facto postao nepoželjan u velikom dijelu Schengena. Švicarske vlasti procijenile su da Thompson „veliča desni ekstremizam i fašizam” te da predstavlja sigurnosni rizik.
Ministarstvo vanjskih poslova i europskih integracija (MVPEI) reagiralo je munjevito: ministar Gordan Jandroković predao je švicarskom veleposlaniku Erichu Hermannu Pircheru oštru diplomatsku notu. U dokumentu je ustvrdio da je zabrana neutemeljena jer Thompson nikada nije bio kazneno gonjen te da sporno obrazloženje vrijeđa Domovinski rat. Jandroković je tvrdio da je postupao u skladu s obvezom zaštite prava hrvatskih državljana u inozemstvu.
No, uslijedila je žestoka reakcija državnog vrha. Predsjednik Stjepan Mesić poručio je da se „tako nešto ne radi” prijateljskoj zemlji poput Švicarske i upozorio kako se prosvjedne note šalju u ime cijele države. Premijerka Jadranka Kosor, na dužnosti tek tri mjeseca, bila je zatečena činjenicom da o noti nije ni obaviještena. Iz njezina kruga stizale su poruke da se ministar upustio u samovoljnu akciju koja bi mogla narušiti hrvatski ugled uoči zaključenja pristupnih pregovora s Europskom unijom.
Mesić je isticao da su „stotine naših građana” imale sporove sa stranim vlastima, ali nikada prije nije poslana prosvjedna nota radi privatnog konflikta. Smatrao je da Jandrokovićev čin implicitno brani „vrijednosti” koje Švicarska upravo kritizira – optužbe za širenje fašističkih ideala.
Kritičari su dodatno naglasili kako je najveći dio note bio posvećen obrani pjevača, a tek dvije rečenice branile su ugled Domovinskog rata. Time je, tvrde, stvorena percepcija da država stoji iza Thompsonovih stavova, što je u osjetljivom predpristupnom razdoblju bilo politički riskantno.
Švicarska, poznata po strogim sigurnosnim standardima, ostala je pri odluci. Hrvatska se pak našla usred jedne od svojih najneugodnijih diplomatskih epizoda – sukoba između Ministarstva vanjskih poslova i vlastitog državnog vrha oko pitanja gdje završava zaštita građanina, a počinje nacionalni interes.
