Šezdesete godine označile su prekretnicu u životu Franje Tuđmana. Nakon što je 1961. u činu general-majora napustio JNA i iz Beograda se preselio u Zagreb, preuzeo je vodstvo tadašnjeg Instituta za historiju radničkog pokreta Hrvatske. U prvom trenutku uživao je pokroviteljstvo Josipa Broza Tita jer je u svojim radovima o Narodnooslobodilačkoj borbi posebno naglašavao doprinos hrvatskih partizana.
Takav pristup išao je protiv tada dominantne jugoslavenske, ponajprije srpske, historiografske linije koja je umanjivala ulogu antifašističkog pokreta u Hrvatskoj i podcrtavala „hrvatsku krivnju” zbog ustaških zločina. No upravo će ga ti historiografski stavovi dovesti u sukob s partijskim vrhom. Već 1967., u dobi od samo 45 godina, Tuđman biva isključen iz Saveza komunista i prisilno umirovljen, čime formalno ulazi u disidentske vode.
Epizodu iz tog razdoblja zorno dočarava i anegdota s Miroslavom Krležom. Književni bard ga je, navodno, nekoć spasio od zatvorske kazne, ali je kasnije, tijekom jednog žestokog ideološkog prijepora, Tuđmana doslovce izbacio iz svoje kuće – jedini slučaj za koji se zna da je Krleža nekome pokazao vrata.
Iz današnje perspektive, 1960-e se nameću kao ključno razdoblje u kojem se profilirao budući hrvatski predsjednik: od perspektivnog oficira jugoslavenske vojske do povjesničara koji se, braneći ulogu hrvatskih partizana, našao na marginama sustava koji je do jučer služio.
