Optužbe da proizvodnja legendarnog francuskog sira Comté šteti okolišu izazvale su pravu buru diljem zemlje, a političari su požurili u njegovu obranu nazivajući ga simbolom francuske baštine. Comté je proteklih trideset godina udvostručio proizvodnju, a 2023. godine čak 10,7 posto otišlo je u izvoz. No, s uspjehom su stigle i ozbiljne optužbe na račun očuvanja prirode.
Ekološki aktivist Pierre Rigaux javno je upozorio na onečišćenje voda povezano s uzgojem stoke na jurskoj visoravni, gdje se proizvodi mlijeko za Comté. Pozvao je građane da prestanu konzumirati ovaj sir, što je izazvalo snažne reakcije i na društvenim mrežama, gdje se proširio hashtag #TouchePasAuComté. "Comté je Jura, okus, kalcij, proteini... i nimalo krivnje", objavila je lokalna prefektura, dok je ministrica poljoprivrede Annie Genevard ekološke kritike nazvala „ideološkim napadima” na ponos Francuske. Rigaux, pak, ističe kako mnogi ne žele ni dovesti u pitanje Comté, kao da je svetinja.
Ekolozi tvrde da "čak i pod PDO statusom, proizvodnja mora biti ekološki prihvatljiva". Iako vlasti umanjuju problem, službena izvješća ukazuju na suprotno. Izvještaj iz 2024. kojeg su izradili regionalne i nacionalne institucije navodi kako je produktivnost krava Montbéliarde (od kojih potječe mlijeko za Comté) značajno porasla posljednjih desetljeća, a s time i upotreba gnojiva, poboljšivača tla i pesticida. Rezultat je povećana razina fosfora i dušika u tlu, što dovodi do zagađenja voda, cvjetanja zelenih algi i pomora ribe u lokalnim rijekama. BRGM je utvrdio izravnu vezu između proizvodnje Comtéa i gubitka bioraznolikosti: stoka je odgovorna za čak 63 posto unosa nitrata i 71 posto unosa fosfata u jurska vodna područja. Dva proizvođača Comtéa već su kažnjena zbog zagađenja otpadnim vodama.
S druge strane, zagovornici Comtéa ponavljaju kako su njihovi standardi među najstrožima u Europi. Eric Sargiacomo, europarlamentarac i potpredsjednik odbora za poljoprivredu, tvrdi: „Standardi su među najstrožima. Nije dopušteno više od 120 jedinica dušika po hektaru godišnje, dok europski propisi dopuštaju do 170 jedinica za organski unos.” Po njemu, cilj ekološke kampanje nije unapređenje stočarstva, već njegovo potpuno ukidanje: „Bez stočarstva nema ni održive poljoprivrede.”
Ova polemika odražava širi europski sukob – iako Europska komisija stočarstvo vidi kao „bitan dio poljoprivrede EU”, istovremeno se traži smanjenje konzumacije životinjskih proizvoda radi zaštite okoliša i zdravlja. Francuski Comté tako je postao simbolom puno šire bitke oko budućnosti hrane, tradicije i prirode.